淀川流域植物情報統合データベース

包括的植物情報システムとオープンデータプラットフォーム

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データベース概要

淀川流域植物情報統合データベース（YRPID: Yodo River Plant Information Database）は、1998年から蓄積された26年間の調査データを統合した、日本最大級の流域植物データベースである。標本情報・分布情報・生態情報・画像情報・分子情報を一元管理し、研究者・行政・市民への情報提供を行う。FAIR原則（Findable, Accessible, Interoperable, Reusable）に基づくデータ公開により、国内外の研究促進に貢献している。

データベース規模

総レコード数

1,250万

件（全データタイプ合計）

種情報

1,580

種（分類・生態情報）

分布記録

850万

点（GPS座標付き）

画像データ

320万

枚（高解像度画像）

システム特徴

データ構造と標準化

1. データモデル設計

正規化データベース構造

  • 種マスタテーブル: 分類学的情報・命名法・シノニム
  • 分布テーブル: 位置情報・観察日時・確認者
  • 生態テーブル: 生活型・開花期・生育環境
  • 画像テーブル: メタデータ・撮影条件・権利情報
  • 標本テーブル: 収蔵情報・同定歴・貸出状況

2. 標準化と互換性

分類体系

APG IV

最新の分子系統分類

命名規約

ICN準拠

国際植物命名規約

座標系

JGD2011

日本測地系2011

メタデータ

Dublin Core

国際標準メタデータ

3. データ品質基準

品質管理項目

  • 完全性: 必須項目の充足率95%以上
  • 正確性: 専門家による同定確認
  • 一貫性: 論理的矛盾の自動検出
  • 時効性: データ更新の適時実施
  • 妥当性: 値域・形式の制約チェック

検索・閲覧システム

1. 検索機能

多角的検索オプション

  • 種名検索: 学名・和名・地方名での検索
  • 分類検索: 科・属・種レベルでの階層検索
  • 地域検索: 行政区画・メッシュ・任意範囲
  • 時期検索: 観察期間・開花期・季節指定
  • 生態検索: 生活型・生育環境・希少度
  • 画像検索: 類似画像・色彩・部位別
  • 複合検索: 複数条件の論理演算

2. 表示オプション

リスト表示

表形式

ソート・フィルタ機能

地図表示

GIS統合

分布点・密度・時系列

画像ギャラリー

高解像度

ズーム・比較・スライドショー

統計グラフ

可視化

分布・季節性・多様性

3. 詳細情報表示

種別詳細ページでは、分類情報・形態特徴・生態情報・分布状況・保全状況・文献情報を包括的に表示。関連種・類似種へのリンク、観察記録の時系列表示、高解像度画像の閲覧が可能。

収録データタイプ

1. 分類・命名情報

分類学データ

  • 階層分類: 界・門・綱・目・科・属・種・変種
  • 学名情報: 命名者・発表年・命名法的地位
  • 和名情報: 標準和名・地方名・異名
  • シノニム: 同義語・新組み合わせ・正名化

2. 分布・観察情報

観察記録

850万

点（座標・日時記録）

標本記録

85万

点（証拠標本情報）

文献記録

45万

点（文献由来情報）

市民記録

280万

点（市民参加調査）

3. 画像・メディア情報

画像コレクション

  • 全体画像: 生育状況・群落景観・個体全景
  • 部位画像: 花・果実・葉・茎・根の詳細
  • 顕微鏡画像: 花粉・毛茸・細胞構造
  • 生活史画像: 発芽・成長・開花・結実過程
  • 生態画像: 生育環境・動物との相互作用

4. 分子・遺伝情報

API・Web サービス

1. REST API

提供API一覧

  • Species API: 種情報・分類・生態データ
  • Distribution API: 分布情報・観察記録
  • Image API: 画像検索・メタデータ取得
  • Taxonomy API: 分類階層・系統関係
  • Search API: 複合検索・統計集計

2. データフォーマット

JSON

標準形式

Webアプリケーション対応

CSV

表形式

表計算ソフト対応

GeoJSON

地理情報

GISソフトウェア対応

Darwin Core

生物学標準

GBIF等との互換性

3. 利用認証・制限

アクセス管理

  • パブリックAPI: 基本情報・年間10万リクエスト
  • 研究者API: 詳細情報・年間100万リクエスト
  • 機関API: 全データ・無制限・SLA保証
  • 商用API: 有償・カスタマイズ対応

4. 外部システム連携

データ品質管理

1. 品質評価システム

自動品質チェック

  • 値域チェック: 数値・日付・座標の妥当性
  • 論理チェック: 項目間の整合性確認
  • 重複チェック: 同一記録の検出・統合
  • 外れ値検出: 統計的異常値の特定

2. 専門家検証

分類専門家

25名

分類群別検証

地域専門家

40名

地域分布検証

市民専門家

180名

観察記録検証

検証済み率

87%

全レコードの検証状況

3. 信頼度ランキング

観察者の経験・専門性、記録の詳細度、証拠の有無等に基づく5段階の信頼度評価システム。ユーザーは信頼度に応じてデータの利用可否を判断可能。

オープンデータ政策

1. ライセンス体系

Creative Commons ライセンス

  • CC0: パブリックドメイン・無制限利用
  • CC BY: クレジット表示のみ必要
  • CC BY-SA: 継承ライセンス必要
  • CC BY-NC: 非商用利用限定

2. データ提供方針

基本データ

CC0

分類・分布情報

画像データ

CC BY

撮影者クレジット要

希少種情報

制限公開

研究目的のみ

商用利用

個別協議

カスタムライセンス

3. データ引用・謝辞

推奨引用形式

Yodo River Plant Information Database (2024). Species distribution data for [species name]. Available from: https://yrpid.org/species/[id] [Accessed: YYYY-MM-DD]

4. 利用促進活動

将来的な発展計画

1. 技術的発展

次世代技術導入計画

  • AI統合: 自動種同定・予測モデリング
  • VR/AR対応: 仮想現実での生息地体験
  • IoT連携: 環境センサーデータ自動取込
  • ブロックチェーン: データ完全性・トレーサビリティ

2. データ拡張計画

時系列拡張

過去150年

歴史的標本データ統合

空間拡張

近畿全域

流域を超えた統合DB

種群拡張

全生物群

動物・菌類・微生物統合

機能拡張

生態系機能

機能形質・相互作用

3. 国際連携強化

アジア太平洋地域の植物データベース統合プロジェクトへの参画、国際標準の策定・普及、技術移転・人材交流の促進により、グローバルな生物多様性情報基盤の構築に貢献。

4. 持続可能性確保

調査手法 淀川の植物トップ